Como capitán de ANBU, Kakashi Hatake falló en un punto importante de la serie, lo que influyó en la masacre del clan Uchiha.
Todo comenzó cuando Itachi Uchiha fue colocado con Kakashi en ANBU. Para entonces, el plan del Uchiha se había filtrado y Danzo le había robado el ojo a Shisui.
Con todos estos problemas en juego, Itachi necesitaba el consejo de alguien que había pasado por lo mismo, como Kakashi, quien recibió la mirada de Obito Uchiha.
Kakashi era el capitán de Itachi, pero no mostró interés en ayudar a su compañero para poder evaluar mejor su situación. Aunque Itachi cuestionó más de una vez sobre el origen de ese ojo, Kakashi nunca le prestó atención.
Finalmente, debido a la falta de consejos y amigos, Itachi no vio más remedio que masacrar a su propio clan. En otras palabras, el silencio de Kakashi cubrió este enorme misterio sobre la masacre de Uchiha, que contó con la ayuda del propio Obito Uchiha.
Más tarde, Kakashi revela que no estaba al tanto de la situación, lo que implica que podría haberlo hecho mejor para evitarla.
Sin embargo, es importante recordar que Kakashi fue destruido mentalmente cuando se unió a ANBU. Gracias a la pérdida de su padre, amigos y maestro, cayó en una profunda depresión y atravesó un período difícil que explica el hecho de estar aislado.