Para entender por qué Sasuke solo tiene un Rinnegan, hay que saber que lo recibió de una manera poco convencional.
A medida que se desarrollan las diversas historias de Naruto, el Rinnegan se despierta de forma natural, pura y cuando el usuario está listo. Sin embargo, Sasuke se despertó gracias a la curación de Kabuto de una herida fatal usando células de Hashirama.
Cuando despertó su ojo izquierdo, la habilidad saltó algunos pasos en su creación. Esto es algo especial al mismo tiempo, de forma positiva y contraproducente. Para despertar completamente a su Rinnegan, se necesitó la fuerza que le dio Hagoromo.
Debido a esto, despertó el dojutso en un ojo y no el Rinnegan convencional que todos conoceremos más adelante.
El Rinnegan de Sasuke es primordial. Sin embargo, esto te permite hacer un dojutso bastante poderoso. Y el hecho es que Sasuke tiene una especie de dos poderes en un solo Rinnegan.
La realidad es que no existe una explicación canónicamente precisa. Pero tiene mucho sentido creer que al recibir tanta "transmigración" desarrolló este Rinnegan que es único en la serie.
El sitio de fandom de Naruto explica que quien manifestó el Rinnegan, como Madara o Sasuke Uchiha, puede desactivarlo en cualquiera de sus formas anteriores, incluso en el Sharingan o en el estado normal.
Al igual que el Sharingan, el Rinnegan parece permanecer activado en todo momento durante el trasplante, como en los respectivos casos de Nagato y Obito Uchiha.